玉米深加工机械上层振动筛的孔径大于下层振动筛孔径，待除杂玉米从封闭系统上部进入上层振动筛后，由于向上气流作用，较轻的杂质，如玉米须，被气流首先吹出；玉米进入上层振动筛后，随着振动筛振动，由于上层振动筛孔径略大于玉米粒径，玉米通过上层振动筛孔进入下层振动筛，较大直径的杂质留在上层振动筛上并随着振动逐渐流向出料口一排出。
进入玉米深加工机械下层振动筛的玉米在下层振动筛的振动作用下，更小粒径的杂质通过筛孔进入底层后排出，下层振动筛孔径小于通常的玉米粒径，去除杂质后的玉米粒在振动下通过出料口二排出。
通过去除玉米中所含的并肩杂，可使用吹式或吸式比重去石机。因玉米籽粒粒度较大，悬浮速度较高，使用比重去石机去石时，风量应相应增加，以便使玉米在去石工作面上呈飘浮状态。
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