1.清理。玉米糁加工设备清理工序不完善致使玉米在清理过程中砂土、石块等不能有效清除，小型工厂的设备都是一个流程走下去的。
2.制粉。不采用新的制粉工艺，导致玉米的加工不精良，如不采用脱皮制粉工艺，造成玉米表皮上的灰分、农药等有害物质残留量污染物进入到面粉中。
3.生产安全。玉米糁加工设备结构复杂，传动件和电控件较多，细节也比较多，小厂家生产的设备中有的设备很少去检查参数的现象，安全意识也不是很强。有的甚至在机械的危险部位没有安全防护或安全警示，对操作者和其他工作人员的人身安全，造成安全隐患。
4.加工工序的完整。如果缺少了某个流程，将会直接影响到加工效果。玉米糁加工设备操作流程包括清理去石、水分调节、脱胚破碴、脱皮提胚、磨粒提粉、分级筛选等。
5.部件保养。操作人员还需要定时的给玉米糁加工设备主要部件，比如轴承，添加固定种类的润滑油，帮助其润滑。一般情况下，不建议经常换润滑油的种类。
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