1）玉米深加工产能扩张过快，增长幅度超过玉米产量增长水平。一些产区已经出现加工能力过快扩张、原料紧张的倾向。
2）企业多为粗放型加工，初级产品多，产品结构不合理，部分玉米加工设备企业加工转化效率低，资源综合利用率不高。
3）部分企业不搞循环经济，污染比较严重。目前，全国年产3万吨或以下的小型玉米淀粉加工企业占20%左右，很多企业工艺技术水平不高，又不搞循环经济、环保工程，成为新的污染源。
4）专用玉米生产基地不足，贸、工、农一体化的产业化经营格局尚未真正形成，玉米种植标准化水平低，影响玉米加工设备企业的效益。
5）粮食部门原有粮库存储能力无法满足当前要求，缺口较大，严重制约了我国玉米加工设备企业的发展。
我国玉米加工设备企业面临着前所未有的发展困境，这就需要做好宏观调控政策，在保证市场发展平衡的基础上提高企业的积极性；同时，我国企业要顺应市场发展潮流，有计划的发展高科技产品，实现玉米加工设备企业的成功转型，促使我国玉米加工设备行业摆脱发展困境。
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