①玉米深加工产能扩张过快，市场的需求过大，增长幅度超过玉米产量增长水平，加工的生产量生产效率高。一些产区已经出现加工能力过快扩张、原料紧张的倾向，市场的需求大，就需要急需对原料的输送。
②企业多为粗放型加工，加工方式单一，产量比较低。初级产品多，高质量的产品跟不上行业的标准，产品结构不合理，部分小型企业加工转化效率低，资源综合利用率不高。
③部分企业价格技术落后，生产加工污染程度大，不注重环境保护。目前，全国年产3万吨或以下的小型玉米淀粉加工企业占20%左右，在技术上和加工上效率比较都，很多企业工艺技术水平不高，又不搞循环经济、环保工程，成为新的污染源。
④专用玉米生产基地不足生产量相对较少，加工形式不完善，贸、工、农一体化的产业化经营格局尚未形成机械化程度，玉米种植标准化水平低，影响玉米深加工企业的效益。
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